Le Parc naturel marin du Cap Corse et de l'Agriate / Parcu naturale marinu di u Capicorsu è di l'Agriate est gouverné par un Conseil de gestion. Véritable organe de gouvernance, il rassemble tous les acteurs du territoire. Celui-ci se compose de 49 membres dont : 

Un président : Gilles SIMEONI

6 vice-présidents :

• Anne-Laure SANTUCCI, Francis MAZOTTI, Marc TOMI (catégorie 2)
• Daniel DEFUSCO (catégorie 4)
• Jean-Jacques RIUTORT (catégorie 5)
• Jean-Valère GERONIMI(catégorie 6)

Ce nouveau Conseil de gestion a été acté par l’arrêté inter-préfectoral n°041/2023 du 20 mars 2023 portant nomination au Conseil de gestion du parc. 

Le Conseil de gestion décide de la politique du Parc dans le cadre des 6 orientations de gestion définies à la création du parc. Il se réunit en moyenne deux à quatre fois par an, et rassemble tous les acteurs du territoire : services de l’État, collectivités locales, socioprofessionnels, usagers, associations, scientifiques...

De façon collégiale, il élabore le plan de gestion, qui fixe pour 15 ans les objectifs à atteindre en termes de connaissance et de protection des écosystèmes, mais aussi de développement durable des activités et de mise en valeur du patrimoine culturel maritime.

Cette gouvernance décentralisée et participative est au cœur du fonctionnement du Parc.

Outre le plan de gestion, le Conseil de gestion du Parc exerce les attributions suivantes :

• en se basant sur le tableau de bord et le rapport d’activité de l’année, il définit le programme d'actions annuel du parc
• il valide le rapport d’activités annuel du parc
• il définit les modalités d’attributions des aides financières (subventions) aux projets contribuant aux objectifs de gestion du parc ;
• il se prononce sur toute autorisation d’activité susceptible d’altérer le milieu marin ;
• il propose aux autorités de l’État toute mesure de protection et de gestion durable nécessaire à la préservation de l’environnement.

Toutes les mesures de gestion proposées par le Parc et les membres de ce conseil sont soumis au vote pour valider la réalisation ou non de ces projets.

Le Conseil de gestion peut proposer une évolution de la réglementation en vigueur mais il ne dispose pas de compétence réglementaire directe. Les propositions de rédaction de texte réglementaire sont soumises à l’approbation des autorités juridiques compétentes dans le domaine concerné.

Cependant, il peut jouer un rôle de conseil au travers des avis simples ou conformes qu’il émet.

Les activités qui sont susceptibles d'avoir un effet notable sur le milieu marin du Parc sont soumises à l'avis conforme du conseil de gestion (Article L 334-5 du code de l’environnement)

Pour ces activités, l’avis du Conseil de gestion, dit « conforme », doit être suivi par les autorités publiques en charge du dossier d'autorisation.
Par exemple, il lui est possible de s'opposer à l'exercice d'une activité qui pourrait dégrader le milieu naturel ou compromettre la poursuite des activités humaines présentes sur la zone.

Afin de faciliter la mise en œuvre de sa politique, le Conseil de gestion du Parc a mis en place un bureau, collège restreint de l’ensemble de ses représentants. Le rôle et l’organisation du bureau sont fixés par le règlement intérieur du Parc.

Le Bureau se compose du Président, de six vice-présidents et de deux représentants des services de l'Etat nommés par le Préfet : le directeur de la direction de la mer et du littoral de Corse (DMLC) et le directeur du conservatoire du littoral de Corse. 

Douze autres conseillers viennent compléter cette liste : 

• Nicolas QUILICI, Ange-Pierre VIVONI, Pierre SAVELLI (catégorie 2)
• Denis DELLAMONICA, Maud VIALE, Louis AZARA (catégorie 4)
• Daniel BURON, Charles VIALE (catégorie 5)
• Christian NOVELLA, Jean-Marcel VUILLAMIER (catégorie 6)
• Denis JOUFFROY et Alexandre VELA (catégorie 7)

Il prépare les réunions du Conseil de gestion, donne son avis sur les demandes de subvention et peut émettre un avis simple par délégation du Conseil de gestion sur les activités soumises à autorisation.
Il se réunit environ une fois par trimestre, et ne se substitue pas au Conseil de gestion, seul organe de gouvernance du Parc.