Quatre canyons sont présents dans le Parc : le canyon de Centuri nord, le canyon de Centuri sud, le canyon de San Fiurenzu et le canyon d’Isula Rossa.

Le plateau continental s’échelonne de 100 à 300 m de profondeur jusqu’aux têtes de canyons qui plongent à des profondeurs allant jusqu’à 2 000 m. La biodiversité présente dans ces canyons varie selon la morphologie et le type de substrat (vases, structures rocheuses, bioconstructions, etc.). De manière générale, celle-ci est composée d’espèces fixées : gorgones, coraux, huîtres géantes, éponges, etc.